Tras una profunda reformulación curatorial y museográfica llevada a cabo entre los años 2001 y 2011, gran parte del trabajo del Ruka Kimvn Taiñ Volil Juan Cayupi Huechicura se ha centrado en establecer un modelo de gestión propio, definido por su conocimiento ancestral mapuche. Allí, aunque se observen los protocolos propios del sistema museológico nacional emanados del Servicio Nacional del Patrimonio Cultural (SNPC), el museo observa además, aspectos normativos y culturales propios, y metodologías participativas con autoridades, sabios y comunidades mapuche. Este texto analiza este momento de construcción de formas epistémicas propias en el museo, en particular los aspectos cosmogónicos y ontológicos que determinan las prácticas de manejo de colecciones y a la elaboración de un Protocolo de reentierro de restos bioantropológicos desde el mapuche kimvn.